Agencje płatnicze – (Paying Agency) to instytucje powołane przez rząd. Agencje płatnicze podlegają specjalnej procedurze, tj. akredytacji (udzielenie pełnomocnictwa). Agencje płatnicze są odpowiedzialne za wdrażanie określonych programów zgodnie z procedurami i wytycznymi. Głównymi funkcjami pełnionymi przez agencje płatnicze są: autoryzacja, realizacja i księgowanie płatności. Ponadto instytucja ta pełni funkcję wdrożeniową, tj. Weryfikuje projekty, organizuje różnego rodzaju przetargi lub przeprowadza kontrole techniczne.
Z reguły regionalne agencje płatnicze zajmują się płatnościami na rzecz beneficjentów. Taka agencja może ubiegać się o zwrot wydatków z budżetu UE, jeżeli jest akredytowana zgodnie z zasadami ustanowionymi przez Komisję Unii Europejskiej. Jednak agencje płatnicze nie ponoszą wyłącznej odpowiedzialności za dokonywanie płatności na rzecz beneficjentów. Przed dokonaniem płatności muszą sprawdzić kwalifikowalność wniosków o pomoc wspólnotową. Agencje płatnicze mogą to zrobić samodzielnie lub za pośrednictwem upoważnionego organu. Sposób przeprowadzenia kontroli został określony w szczegółowych rozporządzeniach sektorowych.
W Polsce od momentu przystąpienia do Unii Europejskiej (od 2004 r.) Agencja Rynku Rolnego działa jako akredytowana agencja płatnicza. Do jego zadań należy: wypłacanie środków uczestnikom poszczególnych mechanizmów Wspólnej Polityki Rolnej i krajowej, wydawanie indywidualnych decyzji adresowanych do beneficjentów mechanizmów zarządzanych przez WPR lub prowadzenie działań kontrolnych w zakresie ustalania uprawnień do wypłacanych środków.
