Istnieją różne szkoły myślenia w ekonomii, każda z nich ma swoje własne czasopisma i konferencje. Jedna, austriacka szkoła, obecnie zakorzeniona w Stanach Zjednoczonych, z wiodącymi ośrodkami na Uniwersytecie Nowojorskim i Uniwersytecie George’a Masona, powstała z dzieł Carla Mengera, Friedricha von Wiesera i Böhma-Bawerka, z których wszyscy podkreślali użyteczność jako składnik wartości. Jej zasady wolnego rynku zostały sprowadzone do Stanów Zjednoczonych przez Ludwiga Misesa i znanego autora The Road to Serfdom (1944), Friedricha A. Hayeka.
Wpływ Charlesa Darwina widoczny jest we wszystkich naukach społecznych, a inna alternatywna szkoła, ekonomia ewolucyjna – podobnie jak znaczna część literatury z dziedziny ekonomii, psychologii i socjologii – opiera się na analogiach do procesów ewolucyjnych. Opierając się również w dużej mierze na teorii gier, zajmuje się ona przede wszystkim zmianami ekonomicznymi, innowacjami i dynamiczną konkurencją. Nie jest to oczywiście pierwszy raz, kiedy ekonomiści flirtują z darwinowską biologią. Zarówno Veblen, jak i Alfred Marshall byli przekonani, że biologia, a nie mechanika, oferuje drogę do teoretycznego postępu w ekonomii, i choć wiara w myślenie biologiczne wygasła na początku XX wieku, to powróciła do znaczenia w ekonomii ewolucyjnej.
Łącząc swoją krytykę centralnego planowania z obroną wolnych rynków, Hayek stał się wyrafinowanym ekonomistą ewolucyjnym, którego poparcie dla rynków zwróciło uwagę na najsłabszy element ekonomii głównego nurtu: założenie, że podmioty gospodarcze są zawsze doskonale poinformowane o alternatywnych możliwościach. Naśladowca Misesa i Hayka, amerykański ekonomista Israel Kirzner rozwinął tę linię myślenia w unikalną austriacką teorię przedsiębiorczości (obejmującą spontaniczne uczenie się i podejmowanie decyzji na poziomie indywidualnym), która podkreślała tendencję do równowagi ekonomicznej.
Kolejną szkołą spoza głównego nurtu jest Sraffiańska ekonomia. Ekonomia sraffijska, będąca pochodną teorii równowagi ogólnej, ma na celu wyjaśnienie określania cen za pomocą relacji technologicznych pomiędzy wejściami i wyjściami, bez odwoływania się do preferencji konsumentów, na których ekonomiści neoklasyczni tak bardzo polegają. Co więcej, teoria Sraffiańska rzekomo przywraca klasyczną tradycję ekonomiczną Smitha i Ricardo, która według Sraffian została celowo pogrzebana przez neoklasyczną ortodoksję. Wszystko to wynika z „The Production of Commodities by Means of Commodities” Piero Sraffa (1962), którego około 100 stron przyciągnęło tysiące stron wyjaśnień, choć prawdziwe znaczenie ekonomii sraffickiej nadal pozostaje nieco nieuchwytne. Tak czy inaczej, ekonomia sraffijska jest dobrym przykładem nierównomiernej globalnej dyfuzji specjalizacji ekonomicznej; podczas gdy w Europie jest uznawana za szkołę myśli mniejszości, ekonomia sraffijska jest praktycznie nieznana w amerykańskich kręgach akademickich.
Ekonomię radykalną, w tym ekonomię feministyczną, lepiej charakteryzuje to, czemu się sprzeciwia, niż to, za czym się opowiada. Rzut oka na strony Przeglądu Radykalnej Ekonomii Politycznej i Ekonomii Feministycznej może skłaniać niektórych do zastanowienia, czy te wyspecjalizowane zagadnienia powinny być nawet traktowane jako ekonomia. To pytanie prowadzi z powrotem do poglądu, że ekonomia jest tym, co robią ekonomiści; w tym świetle ekonomia heterodox, czego przykładem są te i podobne sieci dysydentów, jest rzeczywiście ekonomią.
Inne główne dziedziny ekonomii obejmują historię ekonomii, ekonomię zdrowia, ekonomię kultury, ekonomię edukacji, ekonomię demograficzną, badania organizacji nienastawionych na zysk, regulacje ekonomiczne, zarządzanie przedsiębiorstwem, porównawcze systemy ekonomiczne, ekonomię środowiska, ekonomię miejską i regionalną oraz ekonomię przestrzenną.
Ekonomia zawsze była nauczana w połączeniu z historią ekonomii, ale związek pomiędzy tymi dwoma dziedzinami nigdy nie był łatwy, a do dziś w skład wydziałów ekonomicznych w Stanach Zjednoczonych wchodzą historycy ekonomii. Jednak w większości Europy ekonomiści i historycy ekonomii nie są połączeni instytucjonalnie. Chociaż historycy ekonomii zdobyli nagrody Nobla (Simon Kuznets w 1971 r. oraz Robert Fogel i Douglass North w 1993 r.), większość ekonomistów nie aspiruje do studiowania w tej dziedzinie.
Wzrost zainteresowania opinii publicznej niektórymi dziedzinami dotyka ekonomistów tak samo jak innych ludzi. Nie jest więc zaskoczeniem, że ekonomia środowiskowa jest wschodzącą podgrupą ekonomii. Marshall i jego główny student, Arthur Pigou, stworzyli temat ekonomii dobrobytu wokół tematu negatywnych „efektów zewnętrznych” lub skutków ubocznych (takich jak zanieczyszczenia) spowodowanych przez rozwój wielkiego biznesu. Czy takie „nieekonomie skali” powinny być kontrolowane przez regulacje administracyjne, czy też firmy powinny być zmuszane do płacenia za nie, sprzedając im licencje na zanieczyszczanie? Globalne ocieplenie dramatyzowało znaczenie tych pytań, a obawy ekonomii środowiskowej były priorytetami ekonomistów stosujących na początku XXI wieku.
W latach sześćdziesiątych XX wieku amerykańska „wojna z ubóstwem” i obawy o szkolnictwo wysunęły na pierwszy plan ekonomię edukacji. Była to dekada zainteresowania teorią kapitału ludzkiego, a od tego czasu rosnące rachunki za zdrowie w krajach zachodnich zwracają podobną uwagę na ekonomię zdrowia jako na specjalizację. Jest mało prawdopodobne, aby to się zmieniło w nadchodzących latach, a ekonomia zdrowia jest być może dziedziną w ekonomii stosowanej przyszłości o najbardziej obiecującym potencjale. Można by pomyśleć, że to samo będzie dotyczyło ekonomii przestrzennej lub ekonomii lokalizacji (patrz teoria lokalizacji). W końcu co może być ważniejsze od lokalizacji, w której prowadzona jest działalność gospodarcza? Jak można badać marketing produktów, nie zwracając uwagi na rolę lokalizacji? Ale chociaż ekonomia przestrzenna ma długą i bogatą historię stypendialną (m.in. prace Johanna Heinricha von Thünena i Alfreda Webera), to nigdy nie wzbudzała stałego zainteresowania ekonomistów. Dlaczego tak jest, jest to wielkie pytanie, na które nie ma odpowiedzi.
Wreszcie, istnieje wpływ z dziedziny zarządzania biznesem. Rozwój szkolnictwa wyższego sprzyjał studiowaniu ekonomii w szkołach biznesu (w przeciwieństwie do utrzymania odrębnych działów ekonomicznych). Tendencji tej sprzyjają instytucje zatrudniające nowych ekonomistów, takie jak banki, firmy brokerskie i rządy. W rezultacie wiele szkół wyższych i uniwersytetów zredukowało swoje wydziały ekonomii, jednocześnie budując swoje wydziały zarządzania. Obszary administracji biznesowej i ekonomii biznesu mają własnych guru, ale tylko nieliczni (jak np. amerykańscy ekonomiści Herbert Simon i Alfred Chandler) zajmują się zarówno ekonomią, jak i zarządzaniem. Ogólnie rzecz biorąc, są to różne światy i tylko czas pokaże, czy ekonomia i zarządzanie pewnego dnia połączą się w jakiś nowy, bardziej wszechstronny temat w badaniach nad zarządzaniem w biznesie. Pewne jest, że ekonomia pozostanie istotną gałęzią wiedzy, tak samo kluczową dla programów nauczania na uniwersytetach, jak i dla prowadzenia interakcji międzyludzkich, przy stale rosnącej liczbie nowych teorii, szkół i subdziedzin.
